Calculer des jours d’absence pour arrêt maladie semble simple : on compte du premier au dernier jour prescrit. La réalité du bulletin de paie raconte une autre histoire.
Entre le décompte en jours calendaires pratiqué par la CPAM, celui en jours ouvrés retenu par certaines conventions collectives et la méthode de l’horaire réel validée par la Cour de cassation, un même arrêt de dix jours peut produire trois montants de retenue différents. L’écart se creuse encore quand on intègre le délai de carence, les jours acquis en congés payés pendant l’arrêt et la visite de reprise.
Jours calendaires, ouvrés, ouvrables : l’écart concret sur un arrêt maladie
La CPAM raisonne en jours calendaires pour le versement des indemnités journalières (IJSS). Chaque jour du calendrier compte, week-ends et jours fériés compris. L’employeur, lui, doit choisir une méthode de retenue sur salaire, et toutes ne découpent pas le mois de la même façon.
| Type de jour | Base de calcul mensuelle | Arrêt du lundi au vendredi suivant (10 jours calendaires) | Jours déduits |
|---|---|---|---|
| Calendaires | 30 jours (méthode des trentièmes) | Lundi J1 au mercredi J10 | 10 |
| Ouvrables (lundi-samedi) | 26 jours en moyenne | Lundi J1 au mercredi J10 | 9 |
| Ouvrés (lundi-vendredi) | Nombre réel de jours ouvrés du mois | Lundi J1 au mercredi J10 | 7 |
| Horaire réel (Cour de cassation) | Heures planifiées du mois | Heures manquées sur la période | Variable selon planning |
Sur cet exemple, la retenue oscille entre 7 et 10 jours selon la méthode. Pour un salaire brut mensuel de référence, cela représente un écart de retenue d’environ 30 %.

La méthode de l’horaire réel reste la seule reconnue par la Cour de cassation. Toute autre méthode doit aboutir à un résultat au moins aussi favorable pour le salarié. En pratique, la méthode des jours ouvrés est souvent plus avantageuse quand l’arrêt couvre un week-end, car ces deux jours ne sont pas déduits.
Délai de carence CPAM et carence employeur : deux compteurs distincts
Le délai de carence de la Sécurité sociale correspond aux trois premiers jours calendaires de l’arrêt. Pendant cette période, aucune IJSS n’est versée. Le salarié ne perçoit rien de la CPAM du jour 1 au jour 3, et l’indemnisation ne commence qu’au jour 4.
Le maintien de salaire par l’employeur obéit à un autre calendrier. Il débute souvent après un délai de carence de sept jours (sauf disposition conventionnelle supprimant ce délai). Ce maintien dépend de l’ancienneté du salarié et des règles de la convention collective applicable.
- Carence CPAM : 3 jours calendaires sans IJSS, applicable à chaque nouvel arrêt (sauf exceptions comme les affections de longue durée)
- Carence employeur : souvent 7 jours calendaires avant le déclenchement du complément de salaire, réduite ou supprimée par certaines conventions collectives
- Cumul possible : un salarié peut se retrouver sans indemnisation complète pendant la première semaine si aucune convention ne prévoit de maintien dès le premier jour
Ces deux carences se chevauchent partiellement mais ne se confondent pas. Distinguer carence CPAM et carence employeur évite les erreurs de paie les plus fréquentes.
Congés payés acquis pendant l’arrêt maladie : le calcul après la reprise
Depuis la loi n° 2024-364 du 22 avril 2024, un arrêt pour maladie non professionnelle ouvre droit à 2 jours ouvrables de congés payés par mois d’absence, dans la limite de 24 jours ouvrables par période de référence. Pour un accident du travail ou une maladie professionnelle, le salarié acquiert 2,5 jours ouvrables par mois, plafonné à 30 jours ouvrables par an.
Cette règle modifie le calcul des jours d’absence réels sur l’année. Un arrêt de trois mois génère 6 jours ouvrables de congés supplémentaires que le salarié peut poser après sa reprise. Si ces congés sont pris dans la foulée, la période d’absence totale sur le poste s’allonge sans que le compteur d’arrêt maladie ne bouge.
L’employeur a l’obligation d’informer le salarié, dans le mois suivant la reprise, du nombre de jours de congé disponibles et de la date limite pour les utiliser. Cette information doit être transmise par un moyen donnant date certaine. Un oubli expose l’entreprise à un report illimité de ces congés.

Retenue sur salaire pour absence maladie : appliquer la méthode de l’horaire réel
La méthode validée par la Cour de cassation repose sur un principe : la retenue correspond au rapport entre les heures d’absence et les heures que le salarié aurait travaillées dans le mois. La formule se décompose ainsi :
Retenue = (salaire mensuel brut / nombre d’heures planifiées dans le mois) x nombre d’heures d’absence.
Un mois de mars compte plus d’heures travaillées qu’un mois de février. La même semaine d’arrêt produit donc une retenue différente selon le mois. C’est précisément ce mécanisme qui rend la méthode plus juste, et plus complexe à automatiser.
- Identifier les heures planifiées du mois complet (hors heures supplémentaires habituelles, sauf accord spécifique)
- Compter les heures réellement manquées pendant l’arrêt, en excluant les jours où le salarié n’aurait pas travaillé (repos hebdomadaire, jours fériés chômés)
- Appliquer le ratio au salaire brut de base, sans intégrer les primes exceptionnelles dans l’assiette de calcul
Si l’employeur choisit une autre méthode (jours ouvrés, trentièmes), le résultat doit être comparé à celui de l’horaire réel. Toute méthode moins favorable au salarié est requalifiable devant les prud’hommes.
Visite de reprise et dernier jour d’absence : fixer la date exacte
Le dernier jour d’arrêt maladie ne coïncide pas toujours avec le premier jour de travail effectif. La visite médicale de reprise est obligatoire après un arrêt prolongé pour maladie non professionnelle. Tant que cette visite n’a pas eu lieu, le contrat de travail reste suspendu.
L’employeur dispose d’un délai pour organiser cet examen : il doit avoir lieu le jour de la reprise effective ou, au plus tard, dans les jours qui suivent. En pratique, un salarié dont l’arrêt se termine un vendredi et dont la visite est programmée le mardi suivant se retrouve dans un entre-deux. Ces jours intermédiaires ne sont ni de l’arrêt maladie, ni du travail effectif au sens strict.
Pour le décompte des absences sur le bulletin de paie, la date de reprise retenue est celle de la visite de reprise validée par le médecin du travail, et non la date de fin inscrite sur le certificat médical. Cette distinction peut décaler d’un à plusieurs jours le calcul final de la retenue sur salaire et le nombre de jours d’absence réels portés au compteur de l’entreprise.

